考古學家在澎湖共發現91處古代文化遺址，其中，史前文化遺址52處，歷史文化遺址39處。這些古文化遺址散佈於澎湖的16座島嶼，澎湖本島最多，有28處；白沙次之有15處；望安再次，有12處。遺址中所採集到的文化遺物以石器與陶器居多，間有少許骨器，另外也發現到大量遺物如貝殼、魚骨及獸骨等。
根據考古資料顯示：澎湖在五千年前，以粗繩紋陶為代表的新石器時代就有人類活動。漢人移入澎湖，大約在第9或第10世紀，移民為中國漳泉兩府暫時性移民。當時無大型聚落，移民以捕魚、採貝、蓄養或耕種維生，並且與中國福建沿海交易。
考古學家認為：漢人拓殖澎湖群島，最遲應當不會晚於北宋，極有可能是在唐末或是唐宋之間，他們將澎湖當成臨時的漁業基地或是休憩地，到了南宋時期才有人在澎湖定居。
