澎湖海洋資源館是一處推廣澎湖海洋文化教育的重要據點，全館以澎湖的海洋鄉土文化及漁業經濟脈絡為鋪陳，分從「歷史」、「生活」、「知識」及「保育」四個議題，陳述出多元豐富的海洋面向與資源，將在地的漁業發展、文化價值與經驗傳承傳達，透過豐富的展示資源及良好的參觀環境，保存澎湖在地海洋文化特色，並精進海洋生活產業資源能量。
海洋資源館分為A、B二館，A館以澎湖海洋生態資源為介紹主體，展示主題包括有珊瑚礁生態、走過潮間帶、生物的演化、海藻的應用、危險的海洋生物、生活中的海味、保育與永續以及影片的欣賞。B館則以澎湖漁業活動演進為主軸呈現，內容有傳統漁具、漁村生活實景、漁船的演進、澎湖的漁業種類、澎湖海面經濟性水產生物資源分布與漁撈方式、海底景觀、環境變遷與澎湖海洋資源的永續利用等，內容豐富。
透過豐富展示內涵，落實海洋文化教育紮根基礎，激發民眾投注保育海洋之新生活水，以達澎湖海洋資源的永續利用。
